在办理离职手续时，护士需要与所在医疗机构或规培机构就解除三方协议的具体条款进行充分沟通。这一过程可能涉及违约金支付、规培证明发放等关键事项的协商。双方需达成共识后，签署正式的书面解约文件。

完成过渡期工作交接及协议解除后，护士即可正式离职。医疗机构应按规定出具离职证明，并协助办理社保关系转移、人事档案转递等相关离职手续。

根据医疗行业相关规定，护士在参加规范化培训期间需遵守协议条款。若在规培期内提出离职申请，需承担相应的违约责任，包括支付培训期间产生的相关费用。用人单位为员工提供专业技术培训并承担专项培训费用的，可与员工签订服务期协议。如员工违反服务期约定，应按协议支付违约金，但违约金总额不得超过用人单位实际投入的培训成本。这一规定既保障了用人单位的合法权益，也维护了医疗人才培训体系的稳定性。

关于您提到的赔偿问题，我需要向您说明几点法律要点：

1. 关于双倍赔偿的约定：

根据现行法律规定，此类约定缺乏法律依据，法院通常不会予以支持。因此您只需按照实际发生的培训费用进行返还即可。

2. 关于5万元赔偿金的主张：

除非您确实给对方公司造成了实际经济损失，否则这项赔偿要求同样难以获得法律支持。建议您可以要求对方提供具体的损失证明。

3. 其他注意事项：

- 建议您保留好所有相关支付凭证

- 如有需要，可以要求对方出具正式的培训费用明细

- 若协商不成，建议通过法律途径解决

以上是我的专业建议。如果您需要进一步咨询或有其他疑问，我很乐意为您继续解答。

不妨找个合适的时机，主动约领导谈谈心。先诚恳地说明自己遇到的难处，再委婉地表达诉求。记得要站在单位的角度思考问题，这样更容易获得理解。每个单位的管理风格不同，有的领导更注重人性化管理，说不定能为你找到两全其美的办法。

建议你先做足功课，查阅相关劳动法规，必要时可以咨询专业律师。了解清楚自己的合法权益，这样在沟通时才能有理有据。但要注意方式方法，既要维护权益，也要顾及职场关系。

如果确实遇到特殊情况，不妨准备些书面证明材料。比如医院的诊断书、家庭特殊情况证明等，这样更能让领导理解你的处境。记住，真诚沟通永远是解决问题的第一步。

在医疗机构的规范化培训过程中，若学员在培训期间考取研究生并决定离职，处理方式应当遵循以下原则：

首先，医疗机构可与学员进行友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。例如，可以给予学员适当延长培训期限的机会，或者协商确定合理的培训费用补偿方案。但需要注意的是，任何达成的协议都应当以书面形式明确记录，以确保双方的权益得到保障。

关于违约金问题，其处理依据应当严格遵循双方签订的培训协议条款。若协议中未对提前终止培训的情形作出具体约定，医疗机构则不具备单方面要求学员支付违约金的法律依据。因此，建议医疗机构在制定培训协议时，应当对可能出现的各种情况作出全面、明确的约定，以避免日后产生争议。

（注：以上内容仅供参考，具体法律问题建议咨询专业律师。）