这种约定在法律上是无效的，因为它违反了劳动合同法的强制性规定。根据法律规定，你无需支付违约金。如果用人单位以此为由拒绝你的辞职申请，你的辞职请求将在提交后30天自动生效。

根据我国现行劳动法律法规，劳动合同中关于"工作未满一年需扣除1000元违约金"的约定通常是不具备法律效力的。具体法律依据如下：

《中华人民共和国劳动合同法》第二十五条明确规定：除本法第二十二条（专项培训服务期）和第二十三条（竞业限制）规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。

这意味着：

1. 只有在用人单位提供专项培训费用进行专业技术培训，或涉及商业秘密和知识产权相关竞业限制的情况下，才能合法约定违约金条款

2. 普通劳动合同中关于服务期限的违约金约定，如"工作不满一年扣款"等条款，因违反法律强制性规定而无效

3. 劳动者依法解除劳动合同（包括提前通知离职）时，用人单位无权要求支付违约金

需要注意的是，即使用人单位在劳动合同中设置了此类条款，劳动者仍可通过劳动仲裁或诉讼途径维护自身合法权益。