关于违约金是否需要支付，主要取决于双方签署的协议条款。若在三方协议或后续补充协议中明确规定了违约金条款，则违约方需按约定履行赔付义务。若当事人认为违约金金额过高，可先尝试与对方协商调整，若协商未果，可向法院申请酌情调整。

需要特别说明的是，三方协议在法律性质上不同于劳动合同。其本质是用于明确毕业生与用人单位之间未来就业意向的约定文件，而非正式的劳动契约关系。

法律解读：具体情况需具体分析。若劳动者因考取研究生而解除劳动合同，通常无需承担赔偿责任。但若属于单方面违约行为，则需支付违约金，最高不超过5000元。依据2008年颁布的《劳动合同法》相关规定，用人单位与劳动者之间仅可在两种特定情形下约定违约金条款。其中第一种情形规定于该法第22条：即用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，双方可约定服务期及相应违约责任。

根据现行劳动法规，劳动者与用人单位达成一致意见后，可以免除工作安排。具体操作流程建议如下：

1. 与用人单位进行充分沟通协商

2. 就休假事宜达成书面协议

3. 明确约定休假期间的薪资待遇

4. 确保不影响正常工作秩序

需要注意的是，此类安排应当遵循平等自愿原则，建议提前做好工作交接，以免影响企业正常运营。若用人单位因生产经营需要确需员工到岗，员工也应予以配合。

在实习阶段若未签署正式劳动合同，双方的权利义务关系通常可以通过解除三方协议来终止。协议解除后，用人单位一般不会强制要求签署正式劳动合同。但需要特别提醒的是，解除三方协议时可能需要承担相应的违约金责任。关于个人档案问题，目前档案可能存放在学校或实习单位，建议及时与学校就业指导部门联系，了解具体的档案转接流程和注意事项。