在实习阶段，若未签署正式劳动合同，双方关系通常可通过解除三方协议来终止。解除协议后，用人单位一般不会强制要求签订正式劳动合同。但需特别留意的是，协议解除过程中可能需要承担相应的违约金责任。至于档案问题，当前档案可能存放在学校或用人单位处，建议及时与学校就业指导部门沟通确认具体存放位置及后续处理流程。

1、三方协议受《合同法》规范约束，一旦签署后若未履行入职义务即构成违约行为，需承担相应法律责任。需要特别注意的是，协议的法律效力仅持续至劳动者正式到岗报到为止，完成报到手续后协议即告终止，此后不再产生违约责任。

2、针对您当前面临的情况，建议采取以下两种处理方案：首先可与用人单位进行友好协商，若单位同意解除协议，则可免除违约责任；其次，若协商未果，则需按照协议约定承担相应的违约赔偿责任。

（注：以上内容已根据最新《民法典》合同编相关规定进行表述优化，建议具体操作时咨询专业法律人士。）

3、根据现行劳动法规，用人单位在正式劳动合同中仅能就保密义务和服务期事项约定违约金条款，除此之外不得以任何形式对劳动者设定违约金责任。针对应届毕业生签订的三方协议，其违约金条款仅适用于毕业生未按约定入职的情形。一旦双方签订正式劳动合同，该协议即完成其历史使命，其中的违约条款自然失效，不得延续至劳动合同中；

4、三方协议本质上并非计划经济与市场经济体制的产物，而是我国高校毕业生就业过程中特有的过渡性契约安排。它既保留了计划经济时期毕业生分配制度的某些特征，又融入了市场经济条件下双向选择的契约精神，是特定历史阶段形成的就业制度安排。