根据《劳动合同法》相关规定，签订三方协议后若员工在合同期内离职，应按照协议约定履行提前告知义务。具体而言，试用期员工享有提前三日书面通知用人单位即可解除劳动合同的权利。部分用人单位会在协议中设置试用期离职需承担违约责任的条款，此类限制性条款实际上违反了法律规定，通常不具备法律效力。若员工违反此类无效条款，用人单位可能主张违约责任，包括但不限于要求支付违约金等经济损失赔偿。

根据相关规定，办理离职手续属于正常流程，但需按照协议约定承担相应违约责任。应届毕业生在完成学业后重新就业时，应当与用人单位重新订立正式劳动合同。三方协议作为保障高校毕业生就业权益的重要文件，其三方主体（高校、用人单位及毕业生）都应当严格遵守协议约定。需要说明的是，三方协议本质上属于民事协议范畴，其法律效力应依据《民法典》相关规定予以确认，而非适用劳动法律法规。

法律评析：

一、关于就业协议解除程序

1. 劳动者在与用人单位签订三方协议并正式入职后，依法享有自主择业权。

2. 在提出辞职申请时，若用人单位未在法定期限（通常为30日）内作出明确答复，则视为默认同意解除劳动关系。

3. 劳动者需按规定办理失业登记手续，取得失业证明后方可重新就业。

二、关于违约责任的认定

1. 毕业生单方违约时，除需依约承担违约金外，还可能导致以下不利后果：

（1）影响个人信用记录；

（2）造成用人单位经济损失；

（3）可能面临法律诉讼风险。

法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条、第九十条等相关规定。

注：具体个案处理需结合实际情况，建议咨询专业法律人士。