超市发放工资时若采用非银行转账方式，比如通过微信或支付宝等第三方支付平台进行转账，确实存在潜在的税务违规风险。这是因为通过银行账户发放工资时，系统会自动按照相关规定代扣代缴个人所得税。而通过移动支付平台转账，则可能绕过正常的税务监管流程，使得部分应缴税款未能及时足额申报缴纳。部分经营者为降低用工成本，可能会选择这种支付方式以达到规避税务监管的目的。这种行为不仅违反税收法规，还可能面临税务部门的稽查和处罚。

企业通过微信支付工资存在法律风险。根据我国劳动法相关规定，工资发放应当通过正规渠道进行，而微信转账这种支付方式在劳动纠纷中往往难以作为有效证据。

在实际操作中，多数企业采用老板或财务人员的个人微信账户向员工转账，这种做法存在两个主要问题：一是资金未经过公司对公账户流转，二是缺乏规范的工资支付凭证。一旦发生劳动争议，这种支付方式很可能无法得到劳动仲裁部门的认可。

建议企业应当通过银行对公账户发放工资，这样既能保障员工权益，也能避免不必要的法律风险。规范的工资发放流程不仅是对员工的保护，也是企业合法经营的基本要求。

通过微信转账支付员工薪酬这一行为本身并不构成违法。但关键在于企业是否履行了相应的纳税义务。根据我国现行税收法规，用人单位在发放薪酬时，必须依法完成以下税务程序：

首先，企业需要为员工代扣代缴个人所得税。其次，用人单位还需按规定缴纳社会保险费用和住房公积金。这些都属于企业的法定义务，必须通过正规渠道进行申报和缴纳。

若企业仅通过微信等私人渠道发放薪酬，却未进行相应的税务申报和费用缴纳，则可能涉及逃避纳税义务。这种行为一旦被税务机关查实，企业将面临补缴税款、滞纳金以及行政处罚等法律后果。情节严重的，还可能构成偷税漏税罪，需要承担刑事责任。

因此，建议用人单位通过正规财务渠道发放薪酬，并依法履行各项税费缴纳义务，这样才能确保企业经营活动的合法合规性。