一、已签署就业协议但决定不履行的处理方式

1. 就业协议解约相关事宜

（1）若已签订就业协议但决定不履行，当事人可申请解除协议，但需承担相应违约责任；

（2）在正式劳动合同订立前，协议双方均享有反悔权。如未给对方造成实际损失，任何一方终止协议均无需支付违约金。

2. 法律依据说明

根据《中华人民共和国劳动合同法》相关规定，就业协议属于民事合同范畴，其解除需遵循合同法基本原则。具体条款可参考该法第十条及第二十五条关于劳动合同订立与违约责任的规定。

注：建议当事人与用人单位友好协商解决，必要时可咨询专业法律人士获取针对性建议。

关于已签订就业协议但未实际入职的档案处理问题，建议采取以下步骤：

1. 档案状态确认

建议您首先与高校就业指导中心或相关管理部门取得联系，核实档案当前的具体流向。档案可能有两种去向：一是已转递至签约单位所在地的人才服务机构，二是因未报到而被退回原毕业院校。

2. 分类处理方案

根据档案实际存放位置采取相应措施：若档案已转至用人单位所在地人才服务机构，需办理调档手续；若档案仍保留在学校，则可协商后续转递事宜。建议您携带有效身份证件及相关证明材料，前往档案存放机构咨询具体办理流程。

3. 注意事项

处理过程中需特别注意：保持与学校和人才服务机构的及时沟通，了解各环节所需材料及办理时限。同时建议保存好相关书面凭证，以备后续可能需要的证明材料。

面对已签订三方协议却决定放弃入职的情况，可以采取以下处理方式：

1. 入职后辞职方案：

建议先按协议约定到用人单位报到，签订正式劳动合同后，再根据《劳动合同法》相关规定办理离职手续。具体可分为两种情形：

- 试用期内：提前3天书面通知用人单位即可解除劳动关系

- 转正后：需提前30日提交书面辞职申请

2. 协商解除方案：

可与用人单位友好协商，双方达成一致后解除三方协议。这种方式往往能最大限度降低违约带来的负面影响。

关于违约后果需特别注意：

（1）协议违约责任：

需仔细查阅三方协议中的违约条款，通常可能涉及：

- 支付协议约定的违约金

- 承担用人单位已支付的专项培训费用

- 赔偿用人单位因此产生的直接损失

（2）就业权益影响：

- 可能被记入个人诚信档案

- 影响后续就业政审环节

- 在特定行业或单位可能面临就业限制

建议处理步骤：

1. 及时与用人单位人力资源部门坦诚沟通

2. 书面提交正式的解除协议申请

3. 按协议约定履行违约赔偿责任

4. 妥善办理档案及社保关系转移手续

特别提醒：不同地区对高校毕业生违约可能有特殊规定，建议同时咨询毕业院校就业指导中心，了解当地就业政策的具体执行细则。