在签署工作协议时，违约风险确实需要慎重考虑。当B地提供的职业发展机会和薪资待遇明显优于A地时，支付两千元违约金可能是个值得权衡的选择。特别要留意的是，个人档案若已转入A地单位，必须亲自前往办理调档手续。若涉及民营企业，档案通常由当地人才服务中心托管，但务必与A地公司人事部门核实档案转移的具体流程。请问您目前的档案是否仍保留在原单位？

根据我国《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者约定违约金的情形是受到严格限制的。具体而言，只有在以下两种情况下才能约定违约金：

1. 用人单位为劳动者提供专项培训费用并约定服务期，劳动者未履行服务期约定提前离职的；

2. 劳动者违反竞业限制约定的。

除上述情形外，用人单位不得以任何其他理由要求劳动者支付违约金。

关于劳动合同的解除程序：

- 试用期内：劳动者只需提前3日以书面形式通知用人单位即可解除劳动合同；

- 试用期满后：劳动者可以随时提前30日以书面形式通知用人单位解除劳动合同。

需要特别说明的是，这些规定都是为了保障劳动者的合法权益，防止用人单位通过不合理的违约金条款限制劳动者的择业自由。

您目前面临的情况确实需要慎重考虑。根据您签署的网签协议内容，若在规定期限内未能履行相关义务，通常会产生违约责任。从法律角度来看，这份协议是具有约束力的法律文件，任何一方违反约定都需承担相应后果。

针对您当前的处境，建议您首先仔细研读协议中关于违约责任的具体条款，特别是关于违约金计算方式、支付期限等关键内容。同时，建议您评估继续履行协议可能带来的机会成本与违约可能造成的经济损失，权衡利弊后做出理性决策。

若您确实决定不继续履行协议，建议您及时与对方沟通协商，争取达成双方都能接受的解决方案。在沟通过程中，保持诚恳态度，说明您的实际情况，可能会获得对方的理解与让步。